לימודי הנדסת תעשייה וניהול של מכללת אפקה כוללים קורסי בחירה מעניינים, מערכות מידע הכוללת את תורת המידע, קבלת החלטות, רשתות תקשורת מחשבים, וכן התמחות בתחום תפעול וייצור הכולל ניתוח מערכות ייצור, ניתוח מערכות לוגיסטיות ועוד. מהנדס תעשייה וניהול מיומן במגוון רחב של נושאים, ביניהם, תפעול מערכי יצור, הנדסת יצור – שיטות של תכנון ופיקוח היצור, תכנון מערכי מפעל, תכנון וניהול פרויקטים, חשבונאות וניהול פיננסי, קבלת החלטות ניהוליות, חקר ביצועים, סטטיסטיקה, ייעוץ ארגוני, חקר שיטות עבודה ועוד.
בתהליך ההכשרה בלימודי הנדסת תעשייה וניהול של מכללת אפקה, מושם דגש רב יצירתיות, על הפעלה וניהול של מערכות מורכבות ועל שילוב בין התחומים השונים, כמובן באמצעות שיטות הנדסיות מפותחות. יש לציין כי לימודי הנדסת תעשייה וניהול במסגרת מכללת אפקה, הנם חלק ממגוון תחומים המציעה מכללת אפקה, קרי, לימודי הנדסת תוכנה, לימודי הנדסת מכונות ומערכות, לימודי הנדסת חשמל ואלקטרוניקה, לימודי הנדסה רפואית ועוד.
