במהלך לימודי התואר השני יילמדו הסטודנטים תכנים מגוונים ומעמיקים בתחומי חשבונאות, מימון, כלכלה, שיווק, התנהגות ארגונית, מערכות מידע, ניהול התפעול, משפט עסקי וקבלת החלטות.
תנאי הקבלה לתואר שני במינהל עסקים של המרכז האקדמי פרס הנם בעלי תואר ראשון במנהל עסקים , כלכלה, הנדסה ומדעים, וכן בעלי רישיון עו"ד, או רו"ח פטורים ממבחן GMAT אם ממוצע הציונים בתואר ראשון הנו 75 ומעלה. התכנית לתואר שני במינהל עסקים במרכז האקדמי פרס, כוללת התמחויות בנושאים, שיווק, מימון וחשבונאות, ניהול וארגון, דיני עסקים, ייעוץ והתנהגות ארגונית, ניהול עסקים גלובליים.