תכנית לימודים של הנדסת תעשייה וניהול כוללת שלושה אשכולות לימוד לבחירה, אשכול ניהול מערכות מידע בו נלמדים קורסים המספקים בסיס רחב להשתלבות בתעשייה, אשכול ניהול משאבי ים הכולל קורסים בנושאי הים וסחר בינלאומי, וכן אשכול ניהול שרשרת ההספקה הכולל קורסים בגישה ניהולית חדשנית. מהנדסי תעשייה וניהול משתלבים בתכנון, הקמה וניהול של התהליכים בארגונים השונים.
לימודי הנדסת תעשייה וניהול של המרכז האקדמי רופין, מבוקשים בקרב סטודנטים , ומעבר לכך נלמדים במרכז האקדמי רופין תחומי לימוד מעניינים נוספים, ביניהם, הנדסת מחשבים, הנדסת חשמל ואלקטרוניקה, הנדסה רפואית ועוד.
