הפקולטה למדעי ההנדסה של אוניברסיטת בן גוריון, מסמיכה תלמידים לתואר שני בהתמחויות רבות, ביניהן, תואר שני בהנדסה סביבתית, תואר שני בניהול והנדסת בטיחות, תואר שני בהנדסת ביוטכנולוגיה, תואר שני בהנדסה ביורפואית, תואר שני בהנדסת אלקטרואופטיקה, תואר שני בהנדסת חומרים.
כמו כן, הפקולטה למדעי ההנדסה של אוניברסיטת בן גוריון מציעה לימודים לתואר שני בהנדסת חשמל ומחשבים, תואר שני בהנדסה כימית, תואר שני בהנדסת מכונות, תואר שני בהנדסת מערכות מידע, תואר שני בהנדסת תעשייה וניהול, תואר שני בהנדסת מערכות תקשורת, תואר שני בהנדסה גרעינית, תואר שני בטכנולוגיות מתקדמות במיגון.